Dettaglio linea di ricerca Associazione Oasi Maria SS.

Numero 5
Titolo Le malattie genetiche con ritardo mentale
Responsabili Romano Corrado
Descrizione Progetto 1. La predisposizione familiare all’obesità ha avuto le sue conferme ed è stata supportata da studi epidemiologici su gemelli e accertata da studi su topi e ratti iperfagici. La sostanza identificata quale causa principale è la leptina, una proteina prodotta in vari tessuti e soprattutto nel tessuto adiposo. La leptina è un ormone specifico degli adipociti che regola la massa del tessuto adiposo-ipotalamico attraverso effetti sulla sazietà. Con l’identificazione del gene codificante la leptina, gli studi sull’origine genetica dell’obesità si sono moltiplicati e hanno permesso di individuare alcune forme di obesità monogenica causate appunto da alterazioni del sistema di regolazione del bilancio energetico in cui la leptina gioca un ruolo fondamentale, ma che vede la partecipazione di altri fattori favorenti o inibenti, anch’essi geneticamente determinati. Altri geni coinvolti nell’obesità sono il gene codificante il recettore 4 delle melanocortine (melanocortin-4-receptor MC4R) posto sul cromosoma 18, che causa un’obesità ad insorgenza precoce, iperfagia, elevato Body Mass Index (BMI). Altri geni sono LEPR (Recettore per la leptina) sul cromosoma 1p31, POMC (Pro-opiomelanocortina) su cromosoma 2p23, MC4R (Recettore melanocortina) sul cromosoma 18q21.3. L’obesità è un problema diffuso nel ritardo mentale e si verifica in diverse anomalie congenite quali le sindromi di Prader-Willi, Bardet-Biedl, Cohen, la sindrome di Alstrom, Osteodistrofia di Albright (Pseudoipoparatiroidismo-1-a), la sindrome da delezione 2q37, la sindrome di Borjeson-Forssman-Lehmann, la monosomia 1p36.

Progetto 2. La sordità è il deficit sensoriale più frequente che colpisce più di 5 milioni di persone in Italia; 1 neonato su 1000 oggi presenta alla nascita una sordità profonda o grave. Tra le sordità genetiche il 30% fa parte di una condizione sindromica, in cui la perdita uditiva è associata ad altre anomalie a carico di altri organi e tessuti. La sordità non sindromica (in cui il deficit uditivo è l’unica manifestazione clinica) è caratterizzata da una grande eterogeneità genetica: sono stati identificati ad oggi ca. 50 geni nucleari: alcuni di questi (20%) sono a trasmissione autosomica dominante (DFNA), la maggior parte (70-80%) a trasmissione autosomica recessiva (DFNB), il 5% legata al cromosoma X, e raramente (1%) dovuti a geni mitocondriali. I geni responsabili delle ipoacusie sono per lo più rappresentati da proteine strutturali dell’orecchio interno o proteine, fra le quali i canali ionici, coinvolte nel meccanismo di traduzione del segnale uditivo. Molti altri geni non sono ancora stati identificati: per questo motivo al momento non sempre è possibile definire la forma specifica di sordità nei soggetti affetti, ed identificare l’alterazione del DNA responsabile della patologia. Ciò è dovuto, oltre al numero di geni, anche alle grandi dimensioni di molti di questi geni. I metodi di sequenziamento di DNA negli ultimi 30 anni hanno subito molti miglioramenti sia dal punto di vista della chimica di sequenziamento, sia dal punto di vista della strumentazione. I sequenziatori automatici consentono oggi di produrre una quantità di dati considerevole; tipicamente riescono ad analizzare migliaia di basi al giorno. Negli ultimi mesi tuttavia sono apparse sul mercato macchine di nuova generazione in grado di analizzare milioni di basi. Questi nuovi strumenti offrono la prospettiva di sequenziare interi genomi a costi molto ridotti.

Progetto 3. Lo studio delle anomalie strutturali genomiche si è affermato negli ultimi anni come un potente mezzo per l’identificazione delle cause molecolari alla base del ritardo mentale e delle anomalie congenite multiple. Ciò è dimostrato dal fatto che circa il 15% di tali soggetti, preventivamente investigati tramite analisi di cariotipo, FRAXA e screening dei telomeri, risultano positivi all’analisi per microarray. Questo straordinario successo diagnostico ha permesso di definire nuovi disordini genomici ricorrenti tramite un’analisi di “reverse phenotypics” nella quale il fenotipo si delinea man mano che si accumula il numero di pazienti caratterizzati da un determinato genotipo. La possibilità tecnica d’investigare l’aspetto strutturale del genoma ha altresì messo in evidenza che gli sbilanciamenti genomici non sono peculiari dei soggetti affetti da tali disordini ma che si ritrovano anche nella popolazione generale. Quest’ultimo aspetto, oltre ad aprire un ampio campo di studio per la comprensione del contributo di queste copy number variations (CNVs) nella diversità fenotipica e nell’insorgenza di malattie complesse, pone un serio problema nella diagnostica strutturale genomica nel campo del ritardo mentale. Infatti, per ogni sbilanciamento individuato, occorre cercare di comprendere con svariati mezzi quali la consultazione di database di popolazione di controllo, analisi bionformatica delle regioni coinvolte ed ereditarietà degli sbilanciamenti stessi, il loro ruolo biologico del riarrangiamento. Anche dopo questa ulteriore analisi, in molti casi la patogenicità dell’anomalia individuata rimane non accertata con sicurezza. Alla luce di queste considerazioni, rimane chiaro come lo studio strutturale whole-genome non possa essere applicato alla diagnosi prenatale fino a quando non siano stati condotti studi molto ampi di correlazione genotipo-fenotipo. Cionondimeno, gli studi degli ultimi anni permettono di ipotizzare l’investigazione di determinate regioni genomiche il cui difetto di dosaggio sia stato in maniera inequivocabile associato ad un fenotipo patologico, anche in diagnosi prenatale.

Progetto 4. Nel corso degli ultimi anni l’uso delle nuove tecnologie, quali l’array-CGH, nell’identificazione delle anomalie genomiche strutturali ha portato una rivoluzione in medicina molecolare e ha permesso d’individuare parecchie delle cause molecolari sottostanti al ritardo mentale idiopatico. La parallela scoperta della variabilità strutturale genomica all’interno della popolazione normale, se da un lato ha aperto un ampio campo di studio nella comprensione della diversità fenotipica e nelle studio delle malattie complesse, dall’altro rende ostica una sicura correlazione genotipo-fenotipo nel corso dello studio delle cause del ritardo mentale. In effetti, uno dei quesiti più frequenti con il quale si deve confrontare il ricercatore è quello di stabilire se lo sbilanciamento osservato rappresenta un fattore di rischio ad alta penetranza per il ritardo mentale o, viceversa, una variante strutturale rara. Risulta chiaro quindi in queste circostanze come sia necessario aumentare la casistica relativa alle copy number variations (CNVs) sia nella popolazione con ritardo mentale, sia nella popolazione di controllo. D’altro canto, la descrizione e la mera annotazione delle CNVs senza un’accurata descrizione fenotipica del soggetto nel quale esse siano state individuate non consentirebbe una correlazione genotipo-fenotipo ed un’individuazione dei geni il cui alterato dosaggio genomico sembra essere responsabile di determinati tratti patologici.

Progetto 5. L’array-CGH, cosi come le tecnologie volte allo studio dell’assetto strutturale genomico, nel corso degli ultimi anni è parte integrante dell’iter diagnostico per l’identificazione delle cause molecolari del ritardo mentale e/o delle anomalie congenite multiple. A fronte dei successi straordinari ottenuti nell’individuazione delle cause genetiche in molti casi di ritardo mentale idiopatico, va detto che l’array-CGH resta una metodica molto costosa, soprattutto quando spinta ad alta risoluzione. Va inoltre aggiunto che, viste le ancora scarse conoscenze sulla variabilità genomica nella popolazione normale, un aumento di risoluzione della tecnica non è direttamente proporzionale ad un aumento di positività diagnostica per l’incapacità di valutare il significato biologico delle alterazioni identificate. Quest’ultimo è infatti il principale problema che il ricercatore deve affrontare conducendo l’analisi di assetto genomico strutturale. Risulta in questo contesto evidente come per l’implementazione nel Sistema Sanitario Nazionale e al di fuori di un stretto contesto di pura ricerca sia necessario stabilire il rapporto costo/beneficio delle piattaforme a varie risoluzioni. Nella corrente pratica diagnostica di un laboratorio di Diagnosi Genetica occorre quindi valutare la percentuale di casi che si sarebbero sicuramente risolti con una diagnosi positiva a differenti risoluzioni e quanto costerebbe in termini economici il risultato di un’aumentata capacità diagnostica.


Progetto 6. Le tecnologie di analisi dell’assetto strutturale genomico hanno portato negli ultimi anni ad una rivoluzione circa le conoscenze sulla variabilità del genoma umana. È stato infatti dimostrato come molteplici regioni cromosomiche possano subire delle amplificazioni o delezioni, senza che ci siano apparenti conseguenze fenotipiche sui soggetti portatori. Ciò dimostra dunque che esistono regioni del nostro genoma che variano nel numero di copie e dunque nel loro dosaggio genico nella popolazione normale. Tali regioni sono definite copy number polymorphisms (CNPs) o copy number variations polimorfiche. Parecchi studi in diverse popolazioni di soggetti di controllo hanno evidenziato e annotato tali CNPs, consentendo un paragone con quelli riscontrati nei soggetti con anomalie dello sviluppo al fine di potere individuare quelli con carattere patogenetico. Pur tuttavia, poco si conosce ancora circa il ruolo dei CNPs come fattori di suscettibilità nelle malattie complesse. Da un punto di vista formale, queste variazioni del numero di copie si possono trattare come alleli genici ed è possibile quindi studiarne la frequenza in una determinata popolazione di controllo. Nel corso del nostro screening su circa 100 pazienti con ritardo mentale tramite array-CGH abbiamo usato il DNA dei genitori come DNA di riferimento. Ciò ha permesso di accumulare una vasta serie di CNPs della popolazione siciliana che abbiamo catalogato ed annotato in un database di varianti contenente le posizioni genomiche (Build 36), il loro contenuto in geni e la loro natura (amplificazione o delezione). In maniera interessante, circa 80 di queste varianti sono state ritrovate in delezione su regioni cromosomiche contenenti geni-malattia. È lecito dunque supporre che queste varianti rappresentino alleli recessivi o fattori di rischio a penetranza incompleta della popolazione di controllo.

Progetto 7. La biopsia del cavo orale è l’atto chirurgico che consente il prelievo di un campione rappresentativo della mucosa del cavo orale che viene di solito sottoposto all’esame istopatologico. Lo schema procedurale è poco invasivo e ben tollerato dal paziente, sia dal punto di vista sintomatologico, sia per i tempi brevi in cui viene effettuato, sia per il post operatorio che non presenta, in genere, effetti avversi. Per queste caratteristiche, la metodologia si propone come una valida alternativa alla biopsia cutanea soprattutto in pazienti con problemi mentali a volte poco collaboranti che devono essere sottoposti a cure odontoiatriche di routine. La sindrome di Down (SD) è la causa genetica più frequente di ritardo mentale ed è il risultato dall’espressione genica di un extra cromosoma 21 per una alterazione della normale segregazione cromosomica durante la meiosi. I soggetti con SD sembrano essere predisposti a sviluppare alcune caratteristiche della demenza senile in età precoce; infatti in questa patologia si possono riscontrare le stesse lesioni neuropatologiche (placche amiloidi e grovigli neurofibrillari) caratteristiche della malattia di Alzheimer. Questa predisposizione potrebbe essere dovuta alla presenza in triplice copia della Proteina Precursore dell’amiloide (APP) che è localizzata proprio nella regione critica per la SD sul cromosoma 21; diversi studi, però, sottolineano come il fenomeno infiammatorio debba essere ritenuto uno dei meccanismi che contribuiscono alla neurodegenerazione. Nel Sistema Nervoso Centrale, una delle citochine proinfiammatorie meglio studiate è l’interleuchina-1 (IL-1), che viene prodotta prevalentemente dalla componente microgliale. Griffin et al. nel 1989 hanno dimostrato che una iperespressione di IL-1 è presente in soggetti con SD e numerosi autori hanno confermato questa osservazione anche in altre patologie neurodegenerative come la Malattia di Alzheimer e la Sclerosi Multipla. Inoltre, la terapia con farmaci antinfiammatori sembra far diminuire il rischio di insorgenza di demenza senile. Bisogna ricordare che l’interleuchina-1 è una famiglia di tre proteine codificate da tre geni geni (IL-1alfa;, IL-1ß ed IL-1ra) localizzati in un cluster sul cromosoma 2 e che questi geni sono polimorfici. Alcune varianti alleliche (IL-1A 2 ed IL-1B 2) sono state associate con un’iperespressione di IL-1 e con un aumento del rischio di sviluppare la Malattia di Alzheimer. L’interleuchina 6 (IL-6) è una citochina multifunzionale, attivata da IL-1, essenziale per la regolazione delle reazioni di fase acuta, per l’ematopoiesi e per la risposta immune e sono stati identificati numerosi polimorfismi di singola base (SNPs) che ne possono modificare l’espressione. Uno di questi è la sostituzione G-174C nel promotore del gene IL-6, che è stata associata con una diminuzione dei livelli plasmatici di IL-6 ed un ruolo potenzialmente protettivo del genotipo CC in malattie con forti componenti infiammatorie come l’artrite reumatoide giovanile ed il morbo di Crohn. Il TGFß1 è un importante modulatore della sopravvivenza cellulare, dell’infiammazione e dell’apoptosi, ed ha un ruolo centrale nell’immunosoppressione e nei processi riparativi. L’espressione di TGFß1 aumenta con l’età e per questo è stato suggerito un ruolo importante di tale fattore neurotrofico nella longevità. Recentemente due SNPs, rispettivamente al codone +10 (T/C) e +25 (G/C), che influiscono sui livelli di espressione del TGFß1, sono stati associati con un aumentato rischio di sviluppare la malattia di Alzheimer. D’altra parte, le malattie parodontali sono patologie a carattere prevalentemente infiammatorio, causate principalmente da batteri anaerobi gram negativi, contenuti nella placca dentale. Numerosi fattori genetici sono stati messi in relazione con la parodontite, l’IL-1 è stata particolarmente studiata per il suo ruolo fisiopatologico nell’infiammazione, in generale, e nella parodontite, in particolare. Quindi l’analisi di varianti polimorfiche che influenzano i livelli di citochine coinvolte nel processo infiammatorio può permettere una migliore comprensione di un fenomeno complesso come la SD a cui partecipano sicuramente diverse componenti genetiche ed ambientali e può fornire anche un utile strumento per la programmazione delle cure odontoiatriche in questi soggetti. Sicuramente un modello cellulare più accessibile ed utilizzato in numerosi studi, che permette di studiare gli stessi eventi biochimici presenti a livello del neurone, è il fibroblasto ottenuto da biopsia cutanea. Quindi l’allestimento di linee cellulari di fibroblasti da biopsia orale in soggetti con sindrome di Down potrebbe costituire una valida alternativa ad una procedura come la biopsia cutanea spesso percepita come molto invasiva.


Progetto 8. Molti sono i geni coinvolti nella regolazione dei processi di apoptosi. Uno dei meccanismi più conosciuti di regolazione apoptotica è la cascata NF-KB (nuclear factor-kappa B) ed in questo sistema uno dei geni che sembra avere un ruolo importante è LDOC1. Un’aumentata espressione di LDOC1 agisce su NF-KB favorendo l’apoptosi, mentre una sua ridotta espressione svolge una funzione di inibizione sull’apoptosi stessa; altri esempi di geni già noti per il loro coinvolgimento del processo di morte cellulare programmata sono il TNF-alfa, p53 o geni come gli “inibitori dell’apoptosi” (IAPSs) che agiscono sulle caspasi. La letteratura indica l’importanza della regolazione apoptotica sia nei processi neurodegenerativi che nella proliferazione di neoplasie; infatti, quando viene meno il meccanismo di sorveglianza apoptotico, il processo neoplastico risulta facilitato; viceversa, quando il processo apoptotico è in qualche modo incentivato, vengono favoriti processi neurodegenerativi come ad esempio nella malattia di Alzheimer; inoltre non bisogna sottovalutare il potenziale ruolo che svolge l’apoptosi nell’invecchiamento precoce dei soggetti con sindrome di Down. Oltre all’invecchiamento precoce, i soggetti con sindrome di Down possono sviluppare le caratteristiche della malattia di Alzheimer in una età precoce rispetto a soggetti Alzheimer senza trisomia 21. A tal proposito si può ritenere che questi soggetti vadano incontro a processi neurodegenerativi accelerati per la presenza di una copia in più del gene APP presente sul cromosoma 21, ma questa ipotesi non è stata del tutto confermata dalla letteratura. Quindi non si può escludere che geni implicati nella regolazione dell’apoptosi possano favorire quei processi bio-molecolari che portano alla neurodegenerazione tramite l’apoptosi stessa.

Progetto 9. Le microdelezioni della regione cromosomica 22q11.2 causano un fenotipo variabile che include la sindrome di DiGeorge(DG) e la sindrome velo-cardio-facciale (VCFS). È noto che queste due sindromi rappresentano espressioni cliniche della stessa condizione, in diverse età. La loro definizione si sovrappone a quella di microdelezione 22q11, che è presente in oltre il 95% dei pazienti. Queste due condizioni sono caratterizzate da cardiopatia congenita, anomalie del palato, difetto immunitario, ipocalcemia neonatale, dismorfie facciali, difficoltà di linguaggio e di apprendimento. La delezione più comune si estende per un’area di 3 Mb, alcuni casi presentano una delezione di 1,5 Mb e recentemente con la metodologia CGH-array e/o MLPA (Multiplex ligation-dependent probe amplification) è stato possibile identificare microdelezioni (<1.5Mb) nella regione 22q11.2 in soggetti affetti. In questa regione cromosomica “critica” per la DG/VCFS sono stati identificati numerosi geni, ma è tuttora difficile una correlazione tra caratteristiche cliniche della sindrome con la delezione di uno specifico gene. È più probabile che il fenotipo sia dovuto all’effetto di più geni nella regione critica. Tra i geni inclusi nella regione 22q11.2, tuttavia, il gene TBX1 è stato recentemente indagato come possibile candidato. Ad oggi, solo poche mutazioni puntiformi nel gene TBX1 sono state riportate in associazione con la sindrome da delezione 22q11.2 ed il meccanismo patogenetico di queste mutazioni rimane tuttora sconosciuto.


Progetto 10. II Disturbo Autistico (DA) comprende un gruppo eterogeneo di patologie neuropsichiatriche dell’infanzia che condividono alcuni aspetti clinici aventi probabilmente eziologie diverse. Nei pazienti autistici si osservano, già nei primi tre anni di vita, compromissioni qualitative dell’interazione sociale e della comunicazione verbale e non verbale nonché pattern di comportamento, interessi e attività limitati, ristretti e stereotipati. Inoltre in questi pazienti l’autismo è frequentemente associato ad altre condizioni cliniche quali ad es. il ritardo mentale (in c.a il 70% dei pazienti), l’epilessia (in c.a 1/3 dei pazienti), la macrocefalia (circonferenza cranica > 97° percentile in c.a 20% dei casi). È ampiamente condivisa l’idea che le cause dell’autismo vadano ricercate nell’alterazione di processi biologici coinvolti nella neurogenesi, e tra questi: l’apoptosi, la crescita e la proliferazione cellulare, la migrazione neuronale, il differenziamento cellulare, la sinaptogenesi. Inoltre, gli studi condotti negli ultimi 15 anni hanno permesso di stabilire che nella maggior parte dei pazienti i fattori genetici giocano un ruolo importante nella patogenesi dell’autismo e che la relazione che lega i geni al fenotipo è molto complessa. Solo in un numero limitato di pazienti (10% c.a) l’autismo si manifesta come effetto secondario di un’anomalia genetica (monogenica) o citogenetica ben definita: ad esempio, la prevalenza dell’autismo nella popolazione dei pazienti con sindrome del cromosoma X-fragile varia dal 18% al 38% secondo i vari studi pubblicati. La complessa base genetica del DA è probabilmente collegata con l’esistenza di numerosi “geni dell’autismo”, che possono generare un numero potenzialmente elevato di “stati” strutturali e funzionali del genoma che, interagendo con i fattori ambientali ed epigenetici, producono quell’ampia gamma di manifestazioni fenotipiche definita come “spettro autistico”. I numerosi studi di linkage sin qui condotti non hanno dimostrato in modo conclusivo l’associazione di particolari geni con l’autismo. Inoltre, anche se alcuni studi di associazione (analisi del linkage disequilibrium) hanno individuato un certo numero di geni “candidati”, altri studi non hanno confermato il coinvolgimento di questi geni. Il motivo di questi insuccessi va primariamente ricercato nella marcata eterogeneità fenotipica del DA che si riflette in una corrispondente eterogeneità di fattori genetici. Lo sviluppo di nuove tecnologie (microarray, bioinformatica) offre oggi la possibilità di esplorare la notevole complessità biologica dell’autismo con approcci mirati allo studio del genoma. Per mezzo di queste tecnologie il progetto si prefigge di individuare i geni coinvolti in processi biologici potenzialmente correlati con la patogenesi dell’autismo. In particolare, l’obiettivo principale del progetto è quello di individuare set di geni per i quali sia possibile dimostrare alterazioni nei profili di espressione dei loro trascritti (il trascrittoma) nei pazienti autistici rispetto ad un gruppo di controllo.

Progetto 11. La Sindrome di Prader-Willi (SPW) è una malattia genetica, colpisce entrambi i sessi ed ha un’incidenza di 1/10.000-1/25.000. Clinicamente, i soggetti con SPW presentano alla nascita un’importante ipotonia ed in seguito manifestano un ritardo dello sviluppo psicomotorio, ritardo mentale di diverso grado (la maggior parte presenta un ritardo mentale di grado lieve e nel 2% non è presente ritardo), alterazioni comportamentali, facies tipica, ipopigmentazione cutanea, disturbi del sonno, iperfagia, obesità, ipogonadismo e bassa statura. L’eziologia genetica della sindrome fu scoperta nel 1980, osservando l’aberrazione cromosomica più frequente nei pazienti affetti: la delezione del braccio lungo del cromosoma 15, che si estende da q11 a q13. Il difetto genetico della SPW consiste nella perdita della funzione dei geni di origine paterna localizzati a livello del braccio lungo del cromosoma 15. In circa il 70% la causa è una delezione de novo della regione 15q11q13, in circa il 28% è una disomia uniparentale materna; in rari casi, circa l’1% è una microdelezione o una mutazione puntiforme della regione che controlla l’imprinting oppure, nel restante 1%, sono delle traslocazioni bilanciate con il punto di rottura nella regione SPW. Anche se tutti i meccanismi producono conseguenze simili sullo sviluppo neurologico, grazie alla disponibilità di test molecolari più raffinati si sono notate alcune sottili differenze fenotipiche tra i pazienti con delezione e quelli con disomia uniparentale materna (UPD). Nonostante delezione e UPD siano funzionalmente equivalenti, poiché il quadro clinico che ne deriva è leggermente diverso, alcuni affermano che la sindrome dovuta a UPD sia una situazione morbosa meno grave rispetto a quella determinata dalla delezione. Butler e altri già nel 1986 avevano notato che l’ipopigmentazione ricorreva con maggiore frequenza nei pazienti con delezione. Il legame tra l’ipopigmentazione e la presenza di una delezione sul cromosoma 15 è stato ampiamente dimostrato. Infine è stato ipotizzato che gli individui con disomia materna abbiano in media un quoziente intellettivo più alto rispetto a quelli con delezione.
Obiettivi Progetto 1
Analisi, nel triennio 2009-2011, di 50 soggetti con ritardo mentale e obesità, non portatori di forme sindromiche includenti obesità, per delineare eventuali anomalie genetiche che contribuiscono al rischio di obesità in pazienti con ritardo mentale.

Progetto 2
Analisi, nel triennio 2009-2011, di pazienti con ipoacusia non sindromica valutando simultaneamente la sequenza dei geni più noti e utilizzando una piattaforma di sequenziamento di nuova generazione, la “Next-generation Sequencing”.

Progetto 3
Valutazione, nel triennio 2009-2011, dell’uso dell’array-CGH a bassa risoluzione ed arricchito per determinate “disease associated regions” in feti le cui anomalie ecografiche riscontrate lasciano supporre un’anomalia di sviluppo.

Progetto 4
Implementazione, nel triennio 2009-2011, di un database online nel quale vari laboratori nazionali possano immettere e consultare anche graficamente i dati molecolari e le caratteristiche dei soggetti con ritardo mentale e/o anomalie congenite multiple e delle CNVs causative individuate nel corso del lavoro diagnostico.

Progetto 5
Analisi, nel triennio 2009-2011, di 200 pazienti con vetrino Agilent 400K conducendo l’analisi bioinformatica e le valutazioni circa l’ereditarietà delle varianti individuate come probabilmente causative del fenotipo, con le stesse modalità e criteri usati per le risoluzioni 44K e 244K. Valutazione del rapporto costo/beneficio dell’uso delle tre risoluzioni.

Progetto 6
Valutazione, nel triennio 2009-2011, della frequenza di CNPs in una popolazione siciliana di 500 controlli in apparente buona salute. Ciò permetterà di stabilire nella nostra popolazione una mappa dei fattori di rischio già conosciuti. quali psoriasi, osteoporosi, degenerazione maculare, Alzheimer e Parkinson, di stabilire la frequenza degli alleli recessivi e di progettare studi retrospettivi di correlazione genotipo-fenotipo.

Progetto 7
Valutazione, nel triennio 2009-2011, dell’incidenza di alcuni polimorfismi dell’IL-1, IL-6 e TGFß1 in un gruppo di almeno 150 soggetti con SD, sottoposti a biopsia di mucosa orale, e comparazione con quella di un adeguato gruppo di controlli di pari età e sesso.

Progetto 8
Valutazione, nel triennio 2009-2011, in pazienti con sindrome di Down con e senza declino cognitivo di profili di espressione dell’mRNA di buona parte del genoma umano, con l’utilizzo di arrays di espressione, con particolare attenzione ai geni coinvolti nei processi apoptotici.

Progetto 9
Analisi della regione 22q11.2 con MLPA, nel biennio 2009-2010, in pazienti con fenotipo compatibile e correlazione genotipo-fenotipo.

Progetto 10
Individuazione, nel 2009, set di geni per i quali sia possibile dimostrare alterazioni nei profili di espressione dei loro trascritti (il trascrittoma) nei pazienti autistici rispetto ad un gruppo di controllo.

Progetto 11
Analisi, entro il 2009, di 30-50 soggetti con sospetta SPW con la tecnica MLPA, definizione del tipo di mutazione e valutazione della correlazione genotipo-fenotipo.